充满好奇心、喜欢神秘事物的朝日奈未来，在初中二年级的春假遇见了魔法少女十六夜理子。在奇迹与魔法的指引下，她与理子一起变身为传说中的魔法使“光之美少女”！未来珍爱的泰迪熊玩偶毛芙伦、以及从“波纹智慧书”中诞生的妖精花海言叶，也与她们携手合作，对抗威胁“魔法界”和“无魔法界”的混乱。但这一切也带来了离别的结局。几年后，未来与伙伴们奇迹般地重逢，各自迈向了各自的未来。未来在无魔法界成为一名大学生，而理子则回到魔法界成为了魔法学校的老师。毛芙伦依然陪伴在未来身边，而言叶则成了从远处守护世界的存在。然而，就在这时，魔法界和无魔法界中出现了新的灾难预兆……以新的威胁为契机，分别数月的未来与理子再次重逢。在击退神秘敌人的同时，她们也不得不直面自己的过去以及未来。伴随着「Cure-up Rapapa！」的魔法咒语，这令人兴奋的冒险故事再次拉开序幕！